A prática endodôntica não é isenta de riscos, uma variedade de acidentes técnicos pode complicar o tratamento do canal radicular, influenciando o prognóstico e prejudicando as hipóteses de sucesso. Cada tratamento comporta riscos potenciais versus benefícios. Uma complicação significativa, levando à extracção de um dente, seria uma fractura da raiz ou uma perfuração irreparável. Contratempos como a quebra do instrumento ou o transporte do centro de um determinado canal radicular também podem ter um impacto negativo no resultado do tratamento. A terapia do canal radicular falha devido a micro fugas e infecção bacteriana. A causa precisa das falhas endodônticas pode ser atribuída a insuficiências na limpeza tridimensional, moldagem e obturação.