Tal como outras organizações do sector público, as universidades são afectadas por programas de reforma relacionados com os imperativos de desenvolvimento, investigação eficiente e melhoria do desempenho, inserindo-se simultaneamente numa lógica evolutiva que visa o alinhamento com as melhores práticas e normas internacionais neste domínio. Neste contexto, o controlo de gestão surge como uma alavanca de orientação do desempenho e de regulação das actividades e acções. No entanto, o ambiente geral das organizações públicas dificulta a adopção e a aplicação de ferramentas de gestão há muito reservadas à esfera privada, bem como a adesão de todas as partes interessadas a uma abordagem de gestão baseada no desempenho. Através de uma reflexão teórica e de dados empíricos, tentámos compreender em que medida os sistemas de controlo de gestão podem influenciar as práticas de avaliação e de orientação do desempenho e verificar se as expectativas teóricas de que estes sistemas reforcem a responsabilização dos gestores universitários são ou não verdadeiras.