L'utilisation du contrôle interne comme outil d'aide à l'audit interne dans les organisations peut se limiter au contrôle des strictes obligations légales, mais doit surtout être guidée par l'utilisation correcte de la gestion des ressources afin d'atteindre les buts et objectifs fixés par la direction, en particulier dans le cadre de l'accomplissement de sa mission. Un système de contrôle interne adéquat minimise les risques de l'audit et, par conséquent, l'étendue des procédures à adopter par l'auditeur, étant donné que le travail d'audit devient une question de plus en plus importante pour l'entreprise qui, par obligation légale ou en interne, doit certifier que les informations financières qu'elle produit sont correctes, appropriées et fiables.